Setiap Desa pasti memiliki sejarahnya masing-masing demikian halnya dengan Desa Genaharjo. Sejarah asal muasal desa sering kali tertuang dalam dongeng-dongeng yang diwariskan secara turun temurun dan disampaikan secara mulut ke mulut, sehingga sulit dibuktikan kebenarannya secara fakta. Dongeng tentang asal muasal Desa Genaharjo yang paling populer adalah pada pertengahan abad ke 18 paska perang pajang  yaitu perang besar di tanah jawa antara bangsawan kesultanan Pajang, banyak bangsawan dan tentara yang melarikan diri dari kerajaan akibat perang saudara. Salah satu daerah pelarian adalah Tuban, dan salah satu tempat dalam pelarian tersebut berada di Bejagung. Tetapi dirasa kurang aman mereka membuka hutan di sebelah selatan daerah tersebut  yaitu Semaren yang saat ini menjadi nama dusun di Desa Genaharjo. Setelah dusun tersebut besar ada dua daerah yaitu Semaren dan Gempol yang masing-masing memiliki kepala wilayah. Pada zaman penjajahan Belanda Desa Genaharjo terbagi dalam 2 kelurahan, yang terdiri dari Kelurahan Semaren dan Kelurahan Gempol. Tiap kelurahan dipimpin oleh seorang lurah yang dibantu oleh Bayan, Petengan, Kamituwo, dan Jogoboyo. Seiring dengan perkembangan zaman kedua kelurahan tersebut berubah menjadi satu desa yaitu desa Genaharjo yang terdiri dari 5 dusun antara lain Dusun Krajan, Dusun Sendang Pancur, Dusun Gemanting, Dusun Gempol Utara, dan Dusun Gempol Selatan.